| قیمت: | 14000تومان |
| دسته بندی: | پزشکی |
سال نشر: ۲۰۲۰
نوع نگارش مقاله: مقاله کوتاه (Short Communication)
تعداد صفحه انگلیسی: ۴ صفحه PDF
تعداد صفحه ترجمه فارسی: ۸ صفحه WORD
کد محصول: P17
نام ناشر (پایگاه داده): الزویر
نام مجله: Infection, Genetics and Evolution
عنوان کامل فارسی:
مقاله انگلیسی ترجمه شده ۲۰۲۰ : تحلیل تکاملی ژنوم کامل کرونا ویروس جدید (۲۰۱۹-nCoV) در رد فرضیه ظهور به عنوان نتیجه نو ترکیب رویداد اخیر
عنوان کامل انگلیسی:
Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event
چکیده فارسی:
زمینه و هدف: یک کروناویروس جدید (۲۰۱۹-nCoV) با توانایی انتقال انسان به انسان و عفونت شدید انسانی به تازگی از شهر ووهان در چین گزارش شده است. اهداف ما در راستای توصیف روابط ژنتیکی ۲۰۱۹-nCoV و جستجوی نوترکیب فرضی در تیره ساربوکوویروس می باشد.
مواد و روش ها: نوترکیبی فرضی با استفاده از RDP4 و سیمپلوت v3.5.1 مورد بررسی قرار گرفت و خوشه بندی فیلوژنتیک ناموزون در قطعات ژنومی فردی با استفاده از تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از روش های حداکثر احتمال و بیزی تأیید شد.
یافته ها: تجزیه و تحلیل ما نشان می دهد که مدل ۲۰۱۹-nCoV گرچه به شدت با توالی BatCoV RaTG13 در کل ژنوم (شباهت رشته ۹۶٫۳٪) مرتبط است ، اما خوشه بندی ناموزون را شبیه به توالی های کورونا ویروس Bat_SARS نشان می دهد. مخصوصا در دهانه ۵ پرین ژنوم اولین نوکلئوتید لیگامان ۱۰,۹۰۱ که با نوکلئوتیدهای ۱۱,۴۹۸ زنجیره ی نمونه اولیه مطابقت داشت ( NC- 045512) و آخرین زنجیره ی ۳ پرین موقعیت ۲۲,۸۳۱-۲۷,۹۳۳ (۲۴,۳۴۱-۳۰۶۹۶ نوکلئوتید در NC- 045512) 2019- nCoV و RaTG13 به شکل خوشه منفرد با توالی های کروناویروس سارس مانندخفاش، تشکیل شدند.
جمع بندی: مطالعات ما پیشنهاد می کند که ویروس کرونای جدید (۲۰۱۹- nCoV) به صورت موزاییکی و تکه تکه نیستند و مشخص شده است که ارتباط نزدیکی به BatCoV RaTG13 در خفاش ها از کشور یونان دارند . سطح شباهت ژنومی بین ۲۰۱۹- nCoV و RaTG13 این طور نشان می دهد که دومی نوع دقیقی را نشان نمی دهد که باعث شیوع آن در انسان باشد، ولی فرضیه منشا گرفتن ۲۰۱۹- nCoV از خفاش ها بسیار محتمل است. از طرف دیگر مدارکی دال بر روابط فیلوژنتیکی ناسازگار بین ۲۰۱۹- nCoV و RaTG13 clade با نزدیک ترین شریکش، توالی های مشابه کروناویروس در سارس خفاش می باشد. بر طبق آنالیز های قبلی ، توالی های کروناویروسی که مشابه سارس های خفاش هستند، در درخت فیلوژنی به صورت خوشه های متفاوتی قرار گرفتند، که پیشنهاد کننده ی این است که آن ها نوترکیب هستند و بنابراین ۲۰۱۹- nCoV و RaTG13 از یک تبار نیستند
کلید واژه ها: ویروس کرونای جدید،تجزیه و تحلیل توالی ژنومی،تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک ،نوترکیب،منشاء ، اپیدمیولوژی مولکولی
Abstract
Background: A novel coronavirus (2019-nCoV) associated with human to human transmission and severe human infection has been recently reported from the city of Wuhan in China. Our objectives were to characterize the genetic relationships of the 2019-nCoV and to search for putative recombination within the subgenus of sarbecovirus.
Methods: Putative recombination was investigated by RDP4 and Simplot v3.5.1 and discordant phylogenetic clustering in individual genomic fragments was confirmed by phylogenetic analysis using maximum likelihood and Bayesian methods.
Results: Our analysis suggests that the 2019-nCoV although closely related to BatCoV RaTG13 sequence throughout the genome (sequence similarity 96.3%), shows discordant clustering with the Bat_SARS-like coronavirus sequences. Specifically, in the 5′-part spanning the first 11,498 nucleotides and the last 3′-part spanning 24,341–۳۰,۶۹۶ positions, 2019-nCoV and RaTG13 formed a single cluster with Bat_SARS-like coronavirus sequences, whereas in the middle region spanning the 3′-end of ORF1a, the ORF1b and almost half of the spike regions, 2019-nCoV and RaTG13 grouped in a separate distant lineage within the sarbecovirus branch.
Conclusions: The levels of genetic similarity between the 2019-nCoV and RaTG13 suggest that the latter does not provide the exact variant that caused the outbreak in humans, but the hypothesis that 2019-nCoV has originated from bats is very likely. We show evidence that the novel coronavirus (2019-nCov) is not-mosaic consisting in almost half of its genome of a distinct lineage within the betacoronavirus. These genomic features and their potential association with virus characteristics and virulence in humans need further attention.
Keywords: Novel coronavirus, Genomic sequence analysis, Phylogenetic analysis, Recombination, Origin, Molecular epidemiology
تمامی حقوق مادی و معنوی ترجمه ها برای پارس ترجمه محفوظ می باشد
تمامی حقوق مادی و معنوی ترجمه ها برای پارس ترجمه محفوظ می باشد